Io sto usando quella di MI (perché non posso predicare bene e poi razzolare male...
) installata nella mia home e non ho avuto problemi a fargli riconoscere i vari plugin (quello di mplayer l'ho compilato, per gli altri ho creato dei link simbolici).
Come dici tu, i tempi di rilascio delle versioni dei repo sono più lunghi; la versione dei repo è maggiormente integrata in Gnome, anche se ho trovato in generale che sia un po' più lenta - almeno sulla mia macchina.
Ti consiglio di dare un'occhiata al wiki di Ubuntu Italia, in ogni caso (sia per l'installazione di Fx che dei plugin).
Ciao