Gli hard disk sono bestie grame, a meno che tu non mi dica di avere tre dischi SATA in raid, l'errore è sempre dietro l'angolo!
Comunque, la modalità provvisoria o l'avvio da n disco di emergenza tipo il Bart PE dovrebbero risolvere anche se si tratta d spyware.
Fai un backup del profilo (magari compresso) e prova a cancellare il file incriminato: se Firefox prosegue indenne la sua via, puoi anche cancellare il backup compresso (e la schifezzuola eventualmente inclusa in esso.)
Prova anche una scansione con un anti-rootkit, giusto per mettere le mani avanti!