Ripeto il percorso, avevo dimenticato un passaggio.
Strumenti, Opzioni, Principale. Qui puoi scegliere due opzioni tramite bottoncini. Una, che ritengo più pratica, di salvare il file sempre nella stessa cartella che scegli con "Sfoglia", l'altra opzione dice invece di scegliere dove salvare ogni file.
Pochi minuti fa ho provato con quest'ultima, ti appare sempre la mascherina del file .exe che sta per essere salvato e una cartella che puoi modificare per installarvi il file.
Mi meraviglia, e non so come aiutarti, come mai alcuni file li salvi e altri no! Aggiungo però che il funzionamento di FireFox 2.0 è regolare.