Eh... bella domanda.
La scelta migliore dovrebbe essere poi la scelta della maggior parte degli utenti, ma sappiamo che non è così, visto che ci sono due opposte fazioni che convivono beate e felici con le rispettive soluzioni.
Io ti dico la mia: adoro i programmi standalone (FoxIT PDF Reader, VLC, X-OpenOffice.org) perché non impattano sul Registro di sistema, però per Firefox ho fatto un'eccezione (causa plugin e altro)... ho scelto le versioni con l'installer e mi ci trovo benissimo.
Per Thunderbird, invece, non ho avuto ancora la calma per mettermi la versione con l'installer e sto "tirando avanti" con la versione .zip senza grossi problemi.
Nessuna grossa differenza di prestazioni tra le due versioni, non preoccuparti.