Ciao,questo problema che hai descritto capita anche me (ho appena controllato,fortunatamente di email ne invio pochissime)... !
Sto studiando e cercando di capire a cosa possa essere dovuto...
Secondo me bisogna innanzitutto assicurarsi che,all'interno di THB,nella sezione Impostazioni account--->nomedeltuoaccount--->Cartelle e copie, siano deselezionate le opzioni "Dopo aver effettuato l'invio,copia il messaggio in..." e forse anche quella relativa all'archiviazione dei messaggi.
Se il problema dovesse persistere,allora potrebbe essere un problema lato server legato al fatto che molti provider email (Hotmail,Outlook,forse anche Gmail) consentono all'utente la creazione di "alias" legati all'account principale.
Ad esempio pincopallino[at]hotmail.it,che riceve ed invia messaggi tramite Thunderbird dopo averlo configurato correttamente (e che potrebbe tranquillamente fare tutto anche tramite il solo browser),decide di creare un alias chiamandolo pongopallino[at]hotmail.it (ammesso che tale dominio non risulti all'azienda già utilizzato da qualche altro utente).
Di conseguenza,quando poi va ad inviare un messaggio di posta tramite l'alias,o magari anche tramite l'account principale, il messaggio appare duplicato nella cartella "Posta inviata",perché THB pensa di vedere due account diversi che,in realtà,fanno capo ad un unico indirizzo originario...
Spero di aver contribuito utilmente alla discussione.