Ciao, di che versione di Thunderbird stiamo parlando?
Chiedo perché i percorsi cambiano un po' in base alla versione.
Se è la più recente (78+), prova a fare clic sul pulsante dei menu (quello con le tre lineette sulla barra degli strumenti di Thundebird) > clic su Opzioni > clic a sinistra su Generale (se non è già selezionato).
Scorri la parte destra fino in fondo e fai clic su "Editor di configurazione…", clic su "Accetto i rischi", nel campo Cerca (in alto) incolla mailnews.emptyJunk.dontAskAgain
Quando compare la preferenza che valore ha? Se è true fai doppio clic sulla stringa per modificare il valore su false.
Chiudi la scheda dell'Editor e dovrebbe riapparirti la richiesta (non so se è necessario riavviare Thunderbird per rendere la modifica effettiva).
Se è già su "false" allora lascia le cose come stanno. Potrei aver sbagliato il tipo di preferenza che regola l'apparizione di quella richiesta.