Potresti utilizzare il drag and drop, previa creazione di cartelle omonime già presenti nell'account IMAP, selezionali e trascinali (Ctrl se invece vuoi farne una copia), ovviamente non farlo per TUTTI i messaggi ma agisci spostando (o copiando) i messaggi stessi in gruppi.
Meglio comunque farlo con gli account impostati per non scaricare nulla, almeno in questa fase di trasferimento.