Che io sappia le impostazioni modificate
da un utente le trovi nel file pref.js sempre che non si usi un user.js.
È vero però che nel file pref.js trovi anche delle voci che pur non risultando predefinite in about:config, perchè segnalate in grassetto (come hai giustamente sottolineato), vengono impostate in quel modo da Firefox stesso.
A meno che non esamini, come ho fatto io, ogni singola voce partendo da un profilo pulito, creandoti un file con tutte le voci, relativi valori e note, un aiuto puoi trovarlo qua
https://cat-in-136.github.io/tags.html#tag_mozilla ma il suddetto sito ti propone solo le differenze tra una versione e l'altra.