Se è una cosa che usi abbastanza spesso, direi che ti conviene utilizzare una "cartella di ricerca" appositamente creata.
La procedura è semplicissima: crei una "cartella di ricerca" ("File/Nuovo/Ricerche salvate") basata su un filtro del tipo "Etichette -> non è vuoto"... e Thunderbird la riempirà automaticamente con tutte le email etichettate (magari ordinate per data).
A quel punto potrai selezionarle liberamente e decidere che cosa fare per ognuna (togliendo o aggiungendo etichette a tuo piacimento): la "cartella di ricerca" infatti, pur essendo virtuale, è gestibile come se fosse reale.
Naturalmente potrai eventualmente raffinare la ricerca come preferisci: ad esempio, potrai scegliere da quali cartelle fisiche pescare le email (aggiungendo o togliendo cartelle), potrai aggiungere altri filtri combinandoli in AND/OR (ad esempio scegliendo di visualizzare solo le "cartelle etichettate più vecchie di un anno"), ecc. ecc.
La "cartella di ricerca" verrà aggiornata istante per istante da Thunderbird... quindi sarà sempre a tua disposizione (se non decidi di eliminarla). Può essere utile anche per tenere sott'occhio nel tempo le email etichettate visualizzandole tutte assieme.