Non ho capito.
Tu avevi problemi con Firefox portatile (quale? PortableApps o WinPenPack?) versione 45.
Ma hai risolto quando hai cancellato il profilo in %APPDATA%\Mozilla\Firefox\Profiles\ , che però riguarda le versioni con l'installer.
Che cosa c'entra il profilo dell'installer con quello della versione portatile?
Per darti una risposta precisa avresti dovuto raffrontare TUTTI i file contenuti nel profilo cancellato con un profilo vergine (come ti è stato creato in seguito alla tua cancellazione).
Avresti anche potuto fare una prova con un Firefox portatile però di una versione immediatamente precedente (che, se ho ben compreso, non ti dava quel problema).
Insomma, grazie per avere condiviso con noi la soluzione ma come tu abbia fatto ad ottenere quello che hai ottenuto al momento mi è personalmente oscuro...