Conosco l'ottimo FreeFileSync ma utilizzo il più intuitivo (per me) Synchredible, che purtroppo non è open source e non esiste per Linux.
Non saprei che cosa dirti: come ho scritto già in un altro post io il profilo di Thunderbird lo sposto dai tanti XP che ci sono sui miei PC agli altrettanti Linux Mint, su un Linux Ubuntu, su una chiavetta USB e soprattutto su HD esterno 2.5" USB senza mai riscontrare un problema.
A volte, poi, per esigenze di Forum addirittura con quel profilo utilizzo le versioni post-ESR 17 (che è la mia versine di utilizzo corrente), lo stesso profilo lo copio su X-Thunderbird, su Thunderbird Portableapps e su SeaMonkey Portableapps e non mi è mai accaduto un problema insormontabile.
La mia domanda, a questo punto, è banale: che il problema stia tutto nella pennetta USB? Quanto è usurata/utilizzata? Quanto è capiente? Quanto spazio rimane libero? Qual è il suo filesystem? Il tuo TB ha cartelle di dimensioni vicine ai 4 GB?