Ho fatto un passo avanti e lo metto a disposizione di tutti qualora potesse essere utile.
Nella pagina principale, nella lista a sinistra con gli account (posta in arrivo, posta inviata, etc), sono andato nella parte più bassa con gli account che hanno la busta bianca accanto. Con il tasto destro sull'account duplicato sono andato su "impostazioni" e ho modificato il nome account.
Qualcosa sembra risolto.
Ora devo capire quale eliminare delle due senza fare danni
...nel senso che la seconda che si era creata è IMAP e la prima, in cui però finiscono alla fine tutte le mail, è POP3...