Sì, hai probabilmente cancellato solo il file prefs.js, se avresti cancellato tutta la cartella del profilo te ne saresti accorto immediatamente. I segnalibri e le password sono sempre dentro la cartella del profilo ma in altri file.
Il file contiene le tue preferenze (prefs appunto), cancellandolo, al successivo riavvio viene ricreato con le preferenze di default. Fai un giro fra le impostazioni di Firefox per vedere se devi ritoccarne qualcuna.
Se hai installato delle estensioni verifica che siano impostate come erano in precedenza.
Dopo aver controllato fai un backup del tuo profilo, la cartella fmr886jt.default, così per ogni evenienza avrai una copia di tutti i tuoi file.