Opzioni> Applicazioni> menù a tendina, scegliere => "Usa Acobe Acrobat in Firefox".
RI-pristinando questo parametro io ho risolto, nel senso che ora il pdf si apre all'interno di FF! Mentre aggiornando il plugin mi faceva il download salvandolo nella cartella. Da me non si è mai verificato il caso da te descritto, ossia apertura diretta nel Reader standalone, ma o all'interno di FF (opzione che prediligo) o classico download con apertura tramite doppio click (fastidioso). Per Linux non so.