Il file bookmarks.html si può trovare nel profilo perché ereditato da successivi aggiornamenti (da quando era usato), perché creato dall'utente o creato da una estensione. Firefox non lo usa più dalla versione 3.
E' stato sostituito dal file places.sqlite che non contiene solo i segnalibri, contiene anche la cronologia di navigazione, le favicon, le keywords e altri dati.
Sì, caricando segnalibri da un file html questi vengono aggiunti a quelli attuali; caricandoli da un file json si effettua un ripristino, quelli attuali vengono sostituiti da quelli presenti nel file json.
Se apri un file json con il blocco note di Windows vedrai più o meno un pastrocchio quasi illeggibile. Va usato un editor più avanzato per farsi un'idea di come funziona, tipo Notepad++.
Per aprire il file places.sqlite si può usare l'estensione SQLite Manager.
Raccomandato usare l'estensione per aprire una copia del file places.sqlite (meglio ancora partendo da un profilo di prova). Utile per curiosare e vedere come funziona questo file visto da dentro. Sistema assolutamente sconsigliato per cancellare o inserire dati in questo file. E' molto complesso e corromperlo è un attimo.
Per ripristinare i segnalibri come prima scelta userei il file places.sqlite.
Se qualcosa non torna (tipo, dati in più che non si riesce a cancellare in alcun modo) cancellerei questo file, che si ricrea pulito, e ripristinerei i segnalibri da un file json.
Non è strettamente necessario ma crearsi ogni tanto una copia in formato html potrebbe tornare utile.