Anche a me qualche volta è capitato di ricevere email senza oggetto.
Si può risolvere aggiungendo forzatamente un oggetto fittizio tramite l'estensione
HeadersToolsLite: questo, oltre a risolvere il problema dell'esportazione in .eml, rende più
gestibili le email di questo tipo (tipo "ricerche, stampe & simili").
Altrimenti, se si preferisce non toccare le email, per esportarle basta selezionarle e, premendo il tasto destro del mouse, cliccare su "Salva come": in tal caso anche le email senza oggetto verranno salvate in file .eml "regolari" (con nomi scelti da Thunderbird).
P.S.
Io di solito in questi casi ricorro alla prima soluzione, conservando però la "versione originale" del messaggio accanto alla "versione modificata": la prima la tengo per "scrupolo", la seconda mi serve per le eventuali ricerche o per stampe ed esportazioni in .eml.