Il limite di 100MB è puramente indicativo (quindi non c'è da preoccuparsi): i problemi veri con Thunderbird iniziano solo quando una cartella di posta si avvicina al limite invalicabile di 4GB.
Quello che devi invece verificare con l'estensione è cosa compare, passando col mouse sopra la dimensione della cartella (in basso a destra), nella scritta "La compattazione di questa cartella libererà x.xx KB".
Se la cartella è stata regolarmente compattata, x.xx deve valere 0 (cioè zero). In caso contrario ci possono essere problemi di compattazione (che giustificherebbero i risultati errati e che di solito, assieme agli "indici deteriorati", sono la causa principale di questi problemi).
Supponendo che non ci siano problemi di compattazione, se il problema si verifica solo in una cartella e se succede anche in safe-mode, è possibile che si sia deteriorato il file .mbox di quella cartella (anche se di solito è una cosa molto rara).
In tal caso, in Thunderbird puoi provare a creare una cartella temporanea in cui copiare tutte le email di quella cartella (copia però le email, e non direttamente la cartella!): prova poi a fare qualche ricerca nella nuova cartella… e controlla se ci sono ancora errori.
IMPORTANTE
Prima di iniziare con gli "esperimenti", è meglio che per sicurezza effettui un backup di tutto il profilo!!
P.S. 1
So che questo l'hai già detto… ma sei assolutamente certo che le "stringhe di ricerca" non compaiano in alcuna forma nelle email erroneamente trovate da TB (nemmeno come "testo quotato" o come "nota" o come "parola nella parola")?
P.S. 2
DUBBIO IMPORTANTE
Non è che le "email erronee" abbiano degli allegati in formato .txt o .html o .eml?
Se sì, tieni presente che anche il contenuto degli allegati .txt/.html/.eml viene considerato "corpo del messaggio" ai fini delle ricerche di Thunderbird (quindi in tal caso la "stringa di ricerca" potrebbe essere presente anche all'interno dell'allegato .txt o .html o .eml). Per verificarlo, basta che abiliti la visualizzazione degli allegati in linea (nel menu "Visualizza").