Non so darti una risposta precisa.
Sì consente quei siti e sì quando è disabilitato sono consentiti tutti i siti.
Ma non è vero del tutto, dipende da come è impostato.
Per esempio puoi fare in modo che pur se un sito è nella lista fidata i vari filmati flash non partano senza un tuo clic. Puoi teoricamente disattivare NoScript consentendo tutti i siti ma avere lo stesso una funzione praticamente uguale a quella dell'estensione FlashBlock. Lo stesso per java, silverlight e tante altre cose (guarda il pannello delle opzioni "oggetti importati").
Cosa ti sia successo non ne ho idea, in quanto anche con google tolto dalla lista fidata e di più messo nella lista nera lo stesso le ricerche funzionano. Giusto per fare un'ipotesi, forse un conflitto con una delle tue altre estensioni che ha corrotto qualche parametro?
Per chiudere, se sei interessato a conoscere meglio questa estensione e cerchi risposte più precise c'è il relativo forum:
http://forums.informaction.com/viewforum.php?f=3