Non capisco bene cosa intendi.
Vuoi dire che con l'estensione disattivata nella barra dei segnalibri ti appaiono i siti, mentre attivando l'estensione non vengono più mostrati?
Ti appare una barra dei segnalibri vuota?
Hai guardato fra le opzioni dell'estensione? (è probabile che anche disinstallando l'estensione le impostazioni non vengano cancellate)
