Impossibile ricordarsi il da fare su Windows 98. Ti confermo che modificando i caratteri da Strumenti / Opzioni / Contenuti / ecc. modificherai solo quelli delle pagine web. Per le finestre del programma si faceva tutto da Pannello di Controllo / Schermo / Visualizzazione (se la memoria non inganna), ma di sicuro non è un problema legato a Firefox stesso.