Per il plugin Flash:
da un'installazione di Windows "sul fisso" contenente sia Firefox che Flash, vai nella cartella plugins di Firefox, ti copi la dll di flash e poi la metti nella cartella dei plugins del portatile
Per leggere i file pdf:
possibile che sui pc con i quali non ti connetti non c'è installato un lettore PDF?
Comunque esiste una versione portable di FoxIt Pdf Reader, potresti utilizzare direttamente quella dopo il download del file .pdf (ho lasciato perdere prima di te il plugin al riguardo, nelle versioni portatili).
Ora vado di fretta, ma se hai bisogno scrivilo che appena posso sarò più dettagliato, ciao.