Visto che il 99% dei siti non ha un certificato, secondo te è plausibile che Firefox impedisca il salvataggio nei segnalibri di questi siti?
Evidentemente si tratta di un problema della tua installazione. Cosa significa che non te li salva (cosa fai, che segnalazioni ottieni, ecc. ecc.)? Versione di Firefox? Estensioni installate?