Il problema allora *potrebbe* risiedere proprio nel tool di backup fornito di serie.
Anche se mi sembra mooolto strano: se tutte le altre applicazioni hanno conservato i dati come dici tu,dovrebbe essere stato salvato anche il profilo di firefox, che risiede in c:\documents and settings\[nome utente]\Dati applicazioni come i dati della maggior parte delle applicazioni windows.
L'archivio di backup creato da questo software, è esplorabile come un file .zip?
Puoi sfogliare al suo interno alla ricerca dei dati di firefox, per vedere se sono presenti?
Quando hai fatto il backup con quel programma, Firefox era aperto?
Per il futuro, segui la procedura indicata nelle FAQ di questo forum, per il backup.
E' *l'unico* metodo a prova di bomba per fare una copia di sicurezza di tutti i dati e le impostazioni di firefox.