In Windows i Preferiti vengono conservati in una cartella (che si chiama proprio "Preferiti") sotto forma di file con estensione .URL - se non mi ricordo male.
Quindi bisognerebbe prima trovare un modo per convertire in automatico i Preferiti di IE in forma di unico file HTML compatibile Mozilla/Firefox.
A questo punto sarebbe semplice poi copiarlo automaticamente nella cartella del profilo PRIMA del lancio di Firefox.
In ogni caso, date anche un'occhiata a questo programma:
http://bookmarkbridge.sourceforge.net/index.htmlE' ancora in beta, ma funziona, è citato su MozillaZine diverse volte e sarà citato nelle prossime FFAQ