Boh, a me li ha aggiornati correttamente, forse avevi FF aperto mentre facevi l'aggiornamento.
Previo backup della cartella plugin (backup fallo davvero)
- chiudi Firefox
- Trova dove ci sono i plugin di Java, io ce l'ho in:
C:\Programmi\java\jre1.6.0_03
copia questi file nella cartella plugin di FF:
npjava10.dll, npjava11.dll, .... npjava14.dll (anche 12 e 13)
npjava32.dll, npoji610.dll
E vedi se al riavvio funziona.