Leggendo attentamente:
La compressione è necessaria sia per ridurre le dimensioni dei programmi (di circa il 50%), sia per velocizzarne il funzionamento. Infatti, la lettura da dispositivo USB richiede più tempo rispetto alla decompressione in memoria, quindi,minore è la dimensione del programma e più veloce saranno il caricamento e il funzionamento.
Questo sostanzialmente significa che nell'uso normale la compressione non serve.
Inoltre (questo non era scritto), se comprimi con Upx, il sistema di aggiornamento di Firefox/Thunderbird non funziona più.
In ogni caso, nessuno ti vieta di effettuare test per verificare l'eventuale aumento di prestazioni. I file da comprimere sono quelli con estensione *.exe, *.dll (con Upx) e *.jar (compressione .zip al massimo livello).
Qui le istruzioni per farlo con MozUp.