Scusa ma il problema non l'ho compreso.
I messaggi indesiderati non ti appaiono come letti oppure se fai clic sulla cartella non li vedi nel lato destro del riquadro?
Forse ho fatto un po' di confusione nell'esporre il problema. Ho modificato il primo post, magari così è più comprensibile. Provo comunque a mettere degli screen così si capisce meglio.
Allora, se io apro Thunderbird, il mio account si vede così (come vedi la cartella Indesiderata è vuota, in realtà dovrebbe apparire un messaggio):
Se clicco la cartella "Indesiderata" e ci entro, magicamente ricevo il messaggio indesiderato (che in realtà c'era anche da prima, controllato dalla Webmail prima di aprire Thunderbird):
In pratica finché non entro nella cartella, non vedrò mai se ci sono messaggi indesiderati (non vengono neanche ricevuti, la cartella rimane vuota finché non ci entro, quindi non appaiono già letti ma non ci sono per niente se non entro lì, una volta entrato poi vengono ricevuti e risultano come non letti).
Inoltre ho notato che capita anche con Gmail, non solo con Hotmail.
Hai provato con la riparazione e la compattazione della cartella, previo il solito backup? 
Se intendi l'opzione "File - Compatta cartelle" sì, ho già provato ma non cambia nulla.
Ho provato anche a creare un nuovo profilo (in modo da avere tutto azzerato) ed inserire di nuovo l'account. Nulla. La posta indesiderata viene controllata solo se entro nella cartella, altrimenti rimane vuota come se non avessi ricevuto nessuna mail indesiderata.
E' strano perché ripeto, fino a poco tempo fa questo non accadeva.
Per prova ho configurato lo stesso account utilizzando Windows Live Mail, e al primo colpo aprendo il programma mi segnala subito le mail arrivate nella Posta indesiderata, senza che ogni volta devo entrare manualmente io in quella cartella per far arrivare i nuovi messaggi:
Grazie.
